Tras 20 Años de paz después de la destrucción del templo de Nod, en la base espacial de las fuerzas de GDI se viven momentos de tensión: se están produciendo ataques en todas partes del mundo al mismo tiempo, y las fuerzas están desbordadas. De pronto una transmisión aparece en la pantalla de la estación espacial. "General Salmón, aunque me cortaron, no consiguieron que me desangrase. He visto el futuro del mundo, un mundo de tiberio. Es mi destino guiar este mundo". Kane había vuelto. La guerra comenzaba de nuevo. Pero esta vez hay un nuevo factor: los largos años de exposición al tiberio han creado una nueva raza de mutantes... ¿Quienes son estos misteriosos hombres y mujeres? ¿Cuáles son sus verdaderas intenciones?